Курсы осуществляются по программе дополнительного высшего образования. Срок обучения 3,5 года. В конце обучения предусмотрена подготовка и защита дипломного проекта.
Обучение проводится по специальности 020500 "Теология", утвержденной приказом Министерства образования РФ от 02.03.2000 г. № 686.
Квалификация выпускника - теолог, преподаватель. Лекции читают преподаватели МПДА, Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. На последнем курсе преподавание специальных дисциплин ведется совместно с Московским государственным педагогическим университетом им. М.А. Шолохова. По окончании обучения выпускники курсов получают диплом государственного образца о дополнительном образовании МГГУ им. М.А. Шолохова и диплом Богословских курсов при Московской Православной Духовной Академии.
Занятия на вечернем отделении проходят два раза в неделю в Новоспасском монастыре Слушатели курсов обеспечиваются программами, тематическими планами, необходимой литературой, аудиокассетами с лекциями и текстами лекций в электронном виде.