Методологической основой образовательных проектов служат разработки крупного специалиста в области общего образования академика РАО В.С.Леднева.
Суть его воззрений и дидактический предложений состоит в следующем. Исходя из теоретических взглядов К.Д. Ушинского, он считал, что существуют шесть проекций (векторов) личностной культуры и соответственно образовательных компонентов: 1) познавательная культура (базовые учебные предметы – физика, химия, биология и др.); 2) духовно-нравственная культура (направленность личности); 3) эстетическая культура (приобщение к прекрасному); 4) коммуникативная культура (язык); 5) технологическая культура (труд); 6) физическая культура. Духовно-нравственному компоненту отводилось значительное место в дореволюционной системе воспитания и образования, и, по-видимому, не зря она носила очень точное наименование "просвещение", то есть и в узком семантическом и широком содержательном смысле – "привнесение света в темные души".
Однако в 1917 году в России был устранен духовно-образовательный компонент "Духовно-нравственная" культура" из вышеуказанных шести, и до сих пор он не восстановлен в педагогических схемах. Поэтому одной из главных задач Программы являются разработка и внедрение нового учебного предмета и образовательного компонента "Духовно-нравственная культура" с последующей интеграцией его содержания во все образовательные предметы, в том числе и во внеучебную воспитательную работу.
В качестве другой актуальной задачи будут продолжаться теоретические и практические исследования по разработке и внедрению учебного предмета и образовательного компонента "Православная культура" (в развитие известного решения Министерства образования РФ – приложения к письму Минобразования России № 14-52-876 ин/16 от 22.10.2002 г. о примерном содержании образования по учебному предмету "Православная культура").
Возникшая в обществе дискуссия вокруг темы преподавания православной культуры не может закрыть саму постановку вопроса, тем более что министерство не отменило своего решения. К тому же на региональном уровне в ряде субъектов РФ вопрос о преподавании православной культуры решен положительно. Кроме того, в связи с введение официально утвержденного вузовского направления 520200 "Теология" (Приказ Минобразования России от 02.03.2000 г. № 686) от педагогов – участников Программы потребуется разработка образовательных линий в контексте триединства "богословие – этика – эстетика" во всей цепи непрерывного образования – от школы до последипломного обучения (в соответствии с п. 1.6 Приказа возможна аналогическая проработка вопроса и по конфессионально-образовательному профилю "Христианская теология").
Следует также подчеркнуть, что основополагающие концепции образовательного блока Программы полностью соответствуют приоритетным положениям Национальной доктрины образования в Российской Федерации на период 2000 – 2025 гг., а в отдельных случаях дополняют и развивают ее.
В целом разрабатываемые в Программе принципы теории, методологии и практики духовно-нравственного воспитания в государственной системе образования зиждятся на началах сотрудничества основных общественных институтов воспитания – семьи, Церкви, школы, государственных учереждений.